ECサイト作成で使える補助金｜申請方法や注意点・対象経費と事例も紹介！

ECサイト・ネットショップを立ち上げで販路を広げようと思っても、さまざまな費用がかかるので、ある程度まとまった資金が無いと始められません。

そんな方におすすめなのが国や地方自治体が設けている補助金制度です。
一部の補助金は、ECサイトの立ち上げにも活用できます。また、ECサイトの構築ではなく、業務効率化に役立つツールの導入に使える補助金制度もあります。
そこでこの記事では、ECサイト・ネットショップ運営者に役立つ補助金を紹介していきます。

ECサイトの作成で使える主な4つの補助金

早速ですが、ECサイトの構築に使える補助金は、主に以下の4つです。

• ・中小企業新規事業進出補助金
• ・小規模事業者持続化補助金
• ・ものづくり補助金
• ・各地方自治体による補助金

上記の4つの補助金について、概要や補助額など気になるポイントをお伝えします。

中小企業新規事業進出補助金

中小企業新規事業進出補助金は2025年（令和7年）に新設された制度で、事業再構築補助金の後継とされる補助金です。
中小企業等が既存事業とは異なる「新市場・高付加価値事業」へ進出する際の前向きな挑戦を支援し、企業の成長を通じた持続的な賃上げの実現を目的としています。

新規事業の実施に不可欠な「機械装置・システム構築費」または「建物費（改修等）」の申請が必須であり、これに加えて広告宣伝費や技術導入費なども対象となります。

なお、中小企業新規事業進出補助金は2026年度に、この後に紹介する「ものづくり補助金」と統合・再編される予定であり、現行制度での実施期間は限られる見通しです。

今回は、2026年に実施が決まっている第3回公募要領に沿って制度をご紹介します。

中小企業新規事業進出補助金の対象者

原則として、価値の高い新規事業や新市場へ進出する中小企業者を対象としています。
ただし、業種によって資本金や常時従業員数の上限があります。

また、事業再構築補助金の後継とされていることから、事業再構築補助金で採択が取り消しになっていたり、提出すべき報告書が未提出になっていたりする事業者は対象外となります。

申請するための基本の要件

新規事業進出補助金を申請するには、以下の要件を満たすような3～5年の事業計画を立てて、取り組まなければなりません。

• ・新事業進出指針が示す「新事業進出」の定義に該当する事業であること
• ・金融機関などから資金提供を受ける場合、提供元から事業計画の確認を受けていること
• ・補助事業終了後の事業計画期間内に、一定の付加価値額を向上させること　など

単に新しく事業を行うのではなく、自社の事業の付加価値や従業員の賃金の向上が見込める事業の計画を立てなければなりません。
もし未達成の場合には、補助金の返還を求められる場合もあります。
詳しくは公募要領を確認しましょう。

補助額・補助率

新規事業進出補助金は、従業員数によって補助金額が異なりますが、補助率は一律1/2となっています。
下記は従業員数ごとの補助額をまとめた表です。

対象となる経費

新規事業進出補助金で補助対象となるのは、以下の経費です。

• ・機械装置・システム構築費（建物費といずれか必須）
• ・建物費(機械装置・システム構築費といずれか必須)
• ・運搬費（運搬料、宅配・郵送料等の経費）
• ・技術導入費(知的財産権の導入に関する費用)
• ・外注費(検査・加工・設計等に関する費用)
• ・知的財産権等関連の経費（特許などの取得にかかる費用）
• ・専門家経費（事業遂行に必要な専門家に支払う費用。上限100万円）
• ・クラウドサービス利用料費
• ・広告宣伝・販売促進費(パンフレットやWebサイト作成、展示会出展費など)

ECサイト構築にかかる費用は、システム構築費またはクラウドサービス利用料に該当する可能性が高いです。
なお、上記以外の経費は新規事業進出に関連する費用であったとしても、補助金の利用はできないため注意しましょう。

申請手順

新規事業進出補助金の応募申請の大まかな手順は下記になります。

• ・公募要領を確認する
• ・事業計画書などの必要書類を準備する
• ・電子申請システムから申請する
• ・補助が受けられるのかどうかの採択通知が行われる

補助金の採択後は、正式に交付申請を行い、補助事業の実施後に実績報告を行います。

採択されたらすぐに振り込まれるのではなく、実績報告を行い、事業計画の通り事業が実施されているか確認を受けた後に補助金の支払いが行われます。

新規事業進出補助金の注意点

ECサイト運営に必要な構築費用は、新規事業進出補助金の対象とされています。

ですが、ECサイトを開設して販路開拓を行うだけでは新規事業進出補助金の目的である「新規事業への進出」の要件を満たせないため、補助金を受けられないことに注意しましょう。

実際に、ECサイトの開設と同時に会社を立ち上げる場合は既存企業の「新規事業進出」ではないため、補助金申請の対象外となっています。
同様に、創業して1年に満たない事業者も対象外です。

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金とは、持続的な経営のための経営計画を立てた小規模事業者の生産性向上や販路開拓の取り組みを、補助金により支援する制度です。

大きな特徴は、地域の商工会議所の助言等を受けて経営計画を作成する必要があるという点です。
小規模事業者持続化補助金は「商工会」が運営しているものと、「商工会議所」が運営している2つのパターンがあります。

また、小規模事業者持続化補助金には「一般形 通常枠」「創業型」「共同・協業型」「ビジネスコミュニティ型」といくつか種類がありますが、今回は商工会議所による「一般型 通常枠」の第19回公募の要領に沿って解説していきます。

小規模事業者持続化補助金の対象者

補助金の対象者は、法人、個人事業主、または特定非営利活動法人です。
さらに、常時使用する従業員数が20人以下(宿泊業と娯楽業を除く商業・サービス業は5人以下)の事業者と定められています。

申請するための要件

補助金の対象者であることに加えて、補助金を申請するには、以下のすべての要件を満たす必要があります。

• ・法人の場合、資本金または出資金が5億円以上の法人に100％保有(間接的な保有も含む)されていないこと
• ・直近過去3年または各年(法人の場合は事業年度)の課税所得の年平均が15億円以下であること
• ・商工会議所の管轄地域内で事業を営んでいること(商工会地区の管轄に事業所がある場合は、商工会運営の補助金制度を利用する)
• ・持続化補助金(一部)の採択を受けている場合、原則として申請までに報告書が受理されていること
• ・卒業枠で採択を受けて補助事業を実施した事業者でないこと
• ・第18回公募に申請中の事業者ではないこと(重複申請できない)

補助額・補助率

小規模事業者持続化補助金（一般型 通常枠）の第19回公募の申請枠の種類や補助額は以下の表でまとめています。
インボイス特例と賃金引上げ特例を両方満たせば合計で200万円上乗せされるので、最大で250万円の補助金を受けられます。

対象となる経費

他の補助金と同様、小規模事業者持続化補助金も対象になる経費が限られています。
補助金の利用対象となるのは、販路開拓などの補助事業に関する以下の経費です。

• ・機械装置などの費用
• ・広報費(チラシ作成や看板製作費など)
• ・ウェブサイトやECサイトの開発・運用の費用
• ・展示会などの出展費
• ・販路開拓のための旅費
• ・新商品開発費
• ・機器や設備のレンタル料
• ・委託・外注費

旅費やレンタル料など、さまざまな費用に補助金が利用できるといえます。

申請の手順

小規模事業者持続化補助金の申請は、以下の手順で行います。

• ・公募要領などの確認
• ・計画書や必要書類の準備
• ・商工会議所に事業支援計画書の発行を依頼
• ・電子申請システムから申請
• ・採択・交付の決定

採択後は実際に補助事業を実施し、報告書を提出した後、確定検査などで問題がなければ補助金が支払われます。
また補助金の入金を受けた後は、事業効果報告が必要です。

小規模事業者持続化補助金の注意点

ECサイトを含むウェブサイト関連費用のみの申請はできません。
さらに補助金の上限額にかかわらず、ウェブサイト関連費は補助金総額の1/4(200万円の場合は50万円)が上限となっているので把握しておきましょう。

また、補助対象経費の支払い方法は原則として銀行振込です。10万円を超える支払いを現金払いしてしまうと補助対象外となります。（ただし旅費など現金決済のみの場合は、対象外にはなりません）

他にも、オークションによる購入や汎用性が高い車やパソコンの購入費用は補助対象外です。
補助対象外にならないよう、ガイドブックで制度をよく確認しておくことがポイントです。

ものづくり補助金

ものづくり補助金は、正式名称を「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」といいます。

中小企業や小規模事業者が直面する働き方改革や賃上げ、インボイス制度などの導入を受け、それに対応するための革新的なサービスや試作品の開発、生産プロセスの改善に必要な設備投資を支援する補助金制度です。
なお、ものづくり補助金は最初に紹介した「中小企業新規事業進出補助金」と2026年度に統合される予定です。
今回は2025年実施された、第22次公募要領に沿って制度を紹介します。

ものづくり補助金の対象者

ものづくり補助金は、以下のいずれかに該当する法人や個人事業主が対象です。

• ・資本金や常時勤務の従業員数が一定以下の、企業または個人
• ・一定の条件を満たした組合または連合会
• ・常時従業員数が20人以下(商業・サービス業は5人以下)の小規模事業者
• ・資本金又は出資金が10億円未満かつ常時従業員数が一定以下の企業または個人
• ・従業員数が300人以下で一定の要件を満たす特定非営利活動法人
• ・従業員数が300人以下の社会福祉法人

小規模事業者持続化補助金と同様、中小規模の企業を対象としているため従業員数や資本金などに制限があります。

申請するための基本の要件

ものづくり補助金においては、以下の要件をすべて満たす3～5年の事業計画書を策定していることが、基本的な要件となります。

• ①事業全体の付加価値額(営業利益+人件費+減価償却費)の年平均成長率を3％以上増加させる
• ②給与支給総額(福利厚生費や退職金などは除く)の年平均成長率を2.0％以上増加させる
• ③事業場内最低賃金を地域別最低賃金の+30円以上の水準にする
• ④従業員の仕事と子育て両立のため「子育て支援の計画」を策定し、指定サイトで公表する
  ※④については従業員数が21人以上の場合のみ

また、グローバル枠で申請する場合は、上記の基本要件に加えてグローバル要件を満たす必要があるため、公募要領で確認しましょう。

申請枠の種類・補助額・補助率

下記は、ものづくり補助金の申請枠と補助額、補助率をまとめた表です。
高付加価値枠とグローバル枠で補助金の上限が異なりますので注意しましょう。
また、どちらの枠でも特例を満たせば補助上限が上乗せされ、グローバル枠では最大4,000万円の補助金が受けられます。

対象となる経費

ものづくり補助金の対象になる主な経費は以下になります。

• ・機械装置・システム構築費
• ・運搬費(運搬料や郵送料など)
• ・加工や設計などに関する外注費
• ・専門家経費
• ・クラウドサービス利用料
• ・開発に必要な原材料費
• ・広告宣伝や販売促進費　など

上記は対象となる経費の一部です。詳しくは公募概要を確認しましょう。
なお、広告宣伝や販売促進費は、グローバル枠海外市場開拓（輸出）に関する事業のみ対象の経費として認められたり、経費によっては上限が定められていたりするため、注意が必要です。

申請手順

ものづくり補助金の申請手順は以下の通りです。

• ・公募要領の確認
• ・必要書類の準備
• ・電子申請システムより申請
• ・口頭審査など審査の実施
• ・交付申請・決定

補助金の交付決定後に補助事業を実施し、実績報告を経て、確定検査(交付額の決定)が行われ、問題がない場合はその後、決定額が支払われます。

なお、電子申請に必要なGビズIDは場合によっては取得に3週間程度かかるため、早めに取得しておきましょう。

ものづくり補助金の注意点

ものづくり補助金は設備投資に対して支援する制度であるため、機械装置やシステム構築への投資は必須条件となっています。

また、国や独立行政法人などが実施するほかの補助金との重複は認められていません。
複数の補助金の対象になる場合は、申請の優先度を決めておきましょう。

各地方自治体による補助金制度

ここまでは、国で実施されている補助金制度を紹介してきました。
実は国の補助金以外に、地方自治体でも補助金制度を設けています。

各地方自治体でもさまざまな取り組みが行われていますので、自社の管轄の自治体でECサイト構築などに活用できる補助金はないか確認してみましょう。
ここでは、実際に行われている自治体の補助金の一例を取り上げます。

ECサイト開設等サポート事業補助金(群馬県富岡市)

販路拡大や競争力強化を目的にECサイト活用を計画する、市内の事業者に対する補助金制度です。
ECサイトの初期導入費用やECモールの出店費用などに利用できます。
補助上限は最大15万円と初期費用の支出を抑えたい方には嬉しい制度でしょう。

さらに詳しく知りたい方は、富岡市のサイトでご確認ください。

農産物のECサイト販路開拓応援補助金(新潟県燕市)

市内に住む、農家の方限定の補助金になりますが農家がネット販売する際のECサイト構築にかかる外注費用やモールへの出店費用などを対象に、最大で50万円の補助金がもらえます。

初期費用が心配な方でも安心してECサイトに取り組める金額のため、補助対象に当てはまる方はぜひ燕市のサイトをチェックしてみましょう。

ECサイト活用補助金(東京都中央区)

中小企業者が、新規でオンライン販売から決済まで一括して行うサイトを構築したり利用したりするのを補助するものです。
ECサイト構築のための費用、モール型ECサイトの初期登録費用が補助の対象で、補助上限は5万円となります。
令和7年度は募集が終了していますが、令和8年度も募集する可能性はあるのでこまめにチェックしましょう。

詳細はこちらの中央区のサイトをご確認ください。

ECサイトで活用できる2つの補助金

「ECサイトの構築」には使えなくても、「ECサイトの運営」で利用できる補助金もあります。
受発注管理や在庫管理など、ECサイト運営には多くの業務が発生しますが、これらの業務を効率化する目的でのツールや設備の導入に補助金が使えます。
ここでは、ECサイト運営の業務効率化を支援する2つの補助金を紹介します。

デジタル化・AI導入補助金2026（旧：IT導入補助金）

中小企業や小規模事業者がITツールやAIを導入する際の費用を補助する制度です。
ECサイト運営においては、在庫管理システムや会計ソフトなど、業務効率化に役立つITツールの導入に活用できます。

ECサイトであれば、インボイス制度に対応した受発注ソフトや会計ソフトなどの導入がおすすめです。申請枠にもよりますが、補助額は最大450万円となっています。

ただし、本補助金で対象となるのは「事前に登録されたIT導入支援事業者が提供するツール」に限られるため、導入したいツールが補助対象かどうかを事前に確認する必要があります。

詳しくはデジタル化・AI導入補助金2026のサイトをご覧ください。

中小企業省力化投資補助金

中小企業省力化投資補助金は、人手不足に悩む中小企業の省力化投資を支援する制度です。
ECサイトでは、在庫管理やピッキングシステム、自動梱包機などの導入に補助金が利用できるでしょう。

この補助金には「カタログ注文型」と「一般型」の2種類がありますが、「カタログ注文型」がおすすめです。
カタログ注文型は、国があらかじめ省力化効果を認めた製品をカタログから選んで申請する方法のため、一般型よりも事業計画書の作成負担が少なく、スピーディーに導入できます。
指定されたツールの中から選ばなければなりませんが、補助額はカタログ注文型で最大1,500万円と大きな額のため、応募要件に当てはまる方は利用をおすすめします。

詳しくは中小企業省力化投資補助金のサイトをご覧ください。

カラーミーショップは独自に支援金を用意

国や地方自治体などにより、さまざまな補助金制度が設けられていますが、実はECサイト構築サービスであるカラーミーショップでも独自の「カラーミーショップECサイト導入支援金」という制度があります。

カラーミーショップECサイト導入支援金は、ECサイト構築時にかかる費用を最大100万円までカラーミーショップ側が支援するというものです。

この支援金を利用することで、初期費用と12ヵ月分の利用料金が無料になり、ECサイト構築制作代行の費用も10%オフになります。

適用されるプランや契約期間に一定の決まりはあるものの、最大100万円分の支援を受けられるため、かなりお得な制度といえるでしょう。

定員があるため、気になる方は早めにお申し込みされることをおすすめします。

>>カラーミーショップECサイト導入支援金を見てみる

ECサイトの補助金制度とは?助成金との違い

補助金制度とは、事業を行う個人や民間企業に対して、国や省庁・地方自治体(経済産業省や中小企業庁・商工会議所など)が返済不要のお金を支給してくれる制度です。

補助金を交付することにより、事業者の取り組みが広がり、1つ1つの事業展開・拡大をサポートすることを狙いとして行われている制度です。
補助金の特長としては、融資とは違い条件を満たせば返済の必要が無く、まとまったお金を支給してもらえること、先に事業者が支払いをした後に支給される方式である「後払い」であることが挙げられます。

補助金のメリット

• 返済する必要が無い
• 低コストで高クオリティな施策を実行できる、またはITツールを導入することができる

補助金のデメリット

• 支給までに時間がかかる
• 誰にでも使えるわけではない
• 審査で落ちる可能性がある

助成金との違いとは

補助金と似ている制度に「助成金」というものがあり、国や自治体から返済不要のお金を支給される点に関しては違いはありません。
ただし、助成金は条件を満たせば支給される制度ですが、補助金はもともと国や自治体から交付される予算などが決まっており、運営事務局による審査があるため、支給されない場合もあります。

補助金を利用する際に知っておきたいポイント

補助金は、基本的に返済の必要がないことが大きなメリットでしょう。
ですが、補助金の申請時には注意点もあります。
ここでは、3つの注意点を取り上げます。

申請しても必ずもらえるわけではない

1つは、補助金の申請をしても必ず受給できるとは限らないことです。
補助金を申請すると、必ず審査が行われ、必要な要件を満たした上で審査に通過しないと補助金を受給できません。

また、補助金の採択数や予算が決まっているため、要件を満たしていても申請する事業者が多いと、申請しても不採択となってしまうことがあります。
補助金は頼もしい存在ですが、それをあてに事業計画を立てて受給できなかった場合、事業が破綻する恐れもあるので注意しましょう。

基本的に申請は同一年度に1回限り

「ほかの補助金と併用可能か」「何度も申請して受給できるのか」などの条件は、補助金制度によって異なります。
ただし、同一年度で補助を受けられるのは基本的には1回限りであることが多いです。

自身が申請する補助金制度をよく確認してみてください。

申請すればすぐに補助金が支給される制度ではない

補助金は、申請にも時間がかかりますが、審査通過後の補助金の支給までにも時間がかかります。
申請の流れでもお伝えしましたが、補助金が受給できると決まったとしても、適切に事業が行われたかを確認された後に支給されるのです。

そのため基本的には後払いとなり、補助金の対象事業にかかる経費について、一度全額を立て替えておかなければなりません。

すぐに現金として支給されるわけではありませんので、資金繰りなども考えて利用する必要があるでしょう。

補助金を利用したECサイトの事例

実際に補助金制度を利用したカラーミーショップのお店の事例をご紹介いたします。

1.ef ONLINE STORE

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2.ボタンのTSUKASA

サイトを見る

まとめ:補助金を上手く使えば、ECサイトの販売促進に役立てられる!

今回は補助金制度の概要とECサイト運営に使える補助金の種類に関してご紹介しました。

要件を満たさなければなりませんが、返済の必要が無い費用を支援してもらえる制度のため、ぜひ利用することをおすすめします。

なお、カラーミーショップECサイト導入支援金であれば、スタッフのサポートを受けながら最大で100万の支援を受けられますので、気になる方はぜひ早めにチェックしてみてください。

>>カラーミーショップECサイト導入支援金を見てみる

よくある質問